L’abitato della città punico-romana di Tharros si sviluppa sul versante orientale del Colle di S. Giovanni e sull’altura di Murru Mannu, quest’ultima indagata solo in minima parte.
Per quanto riguarda la prima area, il lungo utilizzo, lo spoglio che ha interessato la città da epoca medievale e la mancanza di dati di scavo editi impediscono di datare in maniera puntuale le strutture che si sviluppano senza soluzione lungo tutto il versante orientale del colle. I quartieri di San Giovanni, verosimilmente di origine punica, si dispongono su terrazzamenti digradanti scavati nel banco di arenaria affiorante. Le abitazioni, per lo più di tipo punico ma sicuramente in gran parte riferibili ad età romana, sono generalmente costruite con blocchi squadrati in arenaria, con interstizi riempiti da zeppe, ma non mancano altri tipi murari. Le planimetrie sono varie e in genere di tipo punico: case con corridoio laterale e cortile decentrato; case con cortile antistante ai vani abitativi; case divise in due ambienti allungati; case con pianta allungata e vani in successione.

I pavimenti erano costituiti da semplici battuti in terra o erano rivestiti in cocciopesto (calce, inerti e piccoli frammenti ceramici); le coperture erano piane e realizzate con elementi vegetali (travi lignee, canne, frasche). L’approvvigionamento idrico era assicurato dalla presenza di cisterne a “bagnarola”, vale a dire di forma allungata con i lati corti arrotondati, coperte con lastre poste in orizzontale o contrapposte (“a schiena d’asino”); tali cisterne sono tipiche del mondo punico, ma continuano ad essere realizzate ed utilizzate anche in età successiva.
L’impianto viario risulta assai irregolare nei quartieri di S. Giovanni, probabilmente perché di impianto punico; le strade in tale epoca sono a fondo naturale rappresentato dalla roccia affiorante; questa talvolta era segnata dai solchi prodotti dal passaggio dei carri.
In età imperiale l’abitato subisce interventi di urbanizzazione importanti che prevedono anche l’impianto di un efficace sistema fognario scavato al di sotto del piano stradale in cui confluivano le acque reflue sia degli edifici pubblici che di quelli privati, scaricando poi a mare. Nella stessa epoca le strade irregolari a fondo naturale di epoca punica vengono lastricate con grandi basoli in pietra vulcanica nera (basalto).

Nel quartiere di Murru Mannu, urbanizzato probabilmente in età romana, le strade si sviluppano con un impianto ortogonale, vale a dire si intersecano ad angolo retto, delimitando così isolati di forma regolare. La strada più importante di tale settore, denominata cardo maximus, è stata interpretata come via cerimoniale in quanto non presenta traccia di solchi carrai; su di essa si aprivano numerosi edifici privati, alcuni dei quali probabilmente destinati ad accogliere botteghe artigianali.