L’ipogeo, localizzato al di sotto della chiesa omonima, è costituito da un complesso di ambienti scavati nella roccia nella parte inferiore e costruiti con filari di laterizi alternati a filari di conci litici nella parte superiore. Alla struttura si accede da una scalinata aperta sul pavimento della chiesa che immette in un corridoio su cui si affacciano due vani rettangolari affrontati coperti a volta (I e V); al termine del corridoio si trova un piccolo ambiente circolare cupolato con pozzo a ghiera quadrata su cui si aprono due vani laterali voltati, con lato di fondo absidato (II e IV), e uno semicircolare coperto a volta (III).
L’impianto dell’ipogeo dovrebbe datarsi al IV sec. d.C., epoca alla quale viene attribuita buona parte delle pitture e delle iscrizioni, ma è certo che esso conobbe una frequentazione, anche se interrotta da periodi di abbandono, che giunge ad età moderna.

Sulle pareti intonacate dei vani si conservano numerose pitture in nero raffiguranti divinità ed eroi della tradizione classica (tra cui Venere, Marte, Pegaso, Proserpina, Ninfe, Ercole in lotta con il leone nemeo), altre figure (personaggio maschile circondato da leoni, auriga vittorioso), simboli cristiani (pavone, pesce) e numerose imbarcazioni, in un caso un galeone forse seicentesco. Tali raffigurazioni vengono collegate ad un culto salutifero connesso con quello delle acque di cui il sacello certo fu sede; si contano inoltre numerose iscrizioni latine, un alfabeto greco e un’iscrizione araba (secc. XVI-XVII).